Ngày 15 tháng 1 năm 1976, Trung tá Trần Văn Trung (tức Phạm Xuân Ẩn) cán bộ tình báo thuộc Bộ Tham mưu Miền được nhà nước Việt Nam phong tặng danh hiệu "Anh hùng lực lượng vũ trang". Lúc này nhiều người mới chính thức biết ông là một tình báo viên thời chiến.

Tháng 8, 1978 ông ra Hà Nội dự một khóa học tập chính trị dành cho cán bộ cao cấp trong 10 tháng. Ông nói rằng đó là do ông đã "sống quá lâu trong lòng địch"[5]. Theo Larry Berman, ông bị nghi kị và bị quản chế tại gia, không được xuất ngoại, bị cấm tiếp xúc với bên ngoài, đặc biệt với giới báo chí ngoại quốc do cách suy nghĩ, cư xử "rất Mĩ" của ông cũng như việc ông giúp bác sĩ Trần Kim Tuyến ra khỏi Việt Nam vào ngày 30 tháng 4 năm 1975. Cho đến năm 1986, sự quản chế mới được nới lỏng dần. Trong vòng gần 10 năm, luôn có một nhân viên công an được giao nhiệm vụ canh gác trước cửa nhà ông.

Năm 1990, Đại tá Phạm Xuân Ẩn được thăng cấp Thiếu tướng.

Năm 1997, chính phủ Việt Nam từ chối không cho phép Phạm Xuân Ẩn viếng thăm Hoa Kỳ để dự một hội nghị ở thành phố New York mà ông được mời với tư cách khách đặc biệt[5].

Năm 2002, ông về hưu. Nhưng cho tới sáu tháng trước khi qua đời, Phạm Xuân Ẩn vẫn đóng vai trò như một cộng tác viên của tình báo Việt Nam. Ông tham gia vào việc bình luận và đánh giá các tài liệu của Tổng cục Tình báo (Tổng cục 2, trực thuộc Bộ Quốc phòng).

Con trai lớn của ông, luật sư Phạm Xuân Hoàng Ân, đã từng được những người bạn Mỹ của ông quyên góp để giúp du học tại Mỹ, hiện nay đang làm việc tại Bộ Ngoại giao Việt Nam[8]. Phạm Xuân Hoàng Ân cũng là người phiên dịch cho buổi tiếp xúc giữa Chủ tịch nước Việt Nam, ông Nguyễn Minh Triết và Tổng thống Mỹ George Bush, khi ông này tới Hà Nội vào năm 2006. Con gái ông hiện đang sinh sống ở Mỹ.[cần dẫn nguồn]

Trong những năm cuối đời, ông Ẩn đã cảm thấy thất vọng với những gì chứng kiến tại Việt Nam sau cuộc chiến, ông nói với Thomas A. Bass: "Dân chúng tại đây không được viết tự do. Đó là vì sao tôi không viết hồi ký".[5]. Tuy nhiên, ông vẫn ca ngợi chủ nghĩa cộng sản. Ông nói: "Đúng, tôi là một người cộng sản. Chủ nghĩa cộng sản là một học thuyết rất đẹp, học thuyết nhân văn nhất. Lời dạy của Chúa trời, đấng Tạo hóa, cũng hệt như vậy. Chủ nghĩa Cộng sản dạy ta yêu thương nhau, không giết nhau. Cách duy nhất để làm điều này là tất cả mọi người trở thành anh em, điều này thì có thể cần một triệu năm. Nó không tưởng, nhưng nó đẹp."[5].

Lúc 11h20 ngày 20 tháng 9 năm 2006, Thiếu tướng tình báo Phạm Xuân Ẩn đã qua đời tại Quân y viện 175, TP. Hồ Chí Minh sau một thời gian lâm trọng bệnh, hưởng thọ 80 tuổi. Tang lễ được tổ chức vào ngày 23 tháng 9 năm 2006 tại Nhà tang lễ Bộ Quốc phòng phía Nam. Có hơn 300 đoàn khách trong nước và quốc tế đã đến viếng ông.